1811年底，尼加拉瓜透露出一点独立的信息，其时莱昂的公民罢黔了执政的州长，格腊纳达的人民寻求制度的彻底改变。但当殖民地当局在莱昂的鼓励下使用武力对付格腊纳达时，这两个城市的公民集团之间的分歧迅速发展成为不可冰释的仇恨，虽时至今日几乎还不能忘怀。

当危地马拉城在1821年9月15日宣布中美洲脱离西班牙而独立的时候，莱昂在十三天后从危地马拉独立出来以示反抗。格腊纳达随之作出决定归附于危地马拉而不归附莱昂。与之俱来所造成的困境，谁都不能在这期间确信西班牙在尼加拉瓜的统治竟已结束。1822-1823年莱昂和格腊纳达都答应同墨西哥结盟，但此后就开始了一连串冲突，继续到1830年。在一次短暂的平静期间，召开了一次制宪会议完成了新国家的宪章(1826年4月)，这是五个中美国家最后组成的一个。联邦的干预终于获得在洪都拉斯人迪奥尼西奥·埃雷拉领导下(1830-1834)的几年时间的相对平静，在此期间尼加拉瓜采取当时在地峡地区流行的自由派的姿态。经过一番努力，1838年尼加拉瓜成了第一个永远从合众国分离出来(4月34日)和第一个起草了独立政府宪法(11月)的国家。

新制度采取的政治形式持续了二十年，根据这个制度，尼加拉瓜有一个两院制的议会和一个两年一选的“最高领导”。由于地方的和地峡地区的冲突时断时续，使国家遭到破坏，这位最高领导便很少能满任离职。1840年代，莱昂的家族自称“自由派”，而格腊纳达的家族自称“保守派”，他们这样称呼自己，并不反映他们政治组织上一致，也不反映他们政治理想上相同。关于他们之间感情上的对立，就连1852年定都马那瓜一举，也不能说明这种对立是能够立即消除的。1854年4月在格腊纳达起草的一部宪法，仅被部分采纳，流血冲突又激烈起来，直到美国冒险家的干涉才最后获得和解。